רפאל נולד בשנת 1930 בתל־אביב למשפחה ששורשיה נטועים עמוק בארץ־ישראל. אביו, יוסף, יליד חברון, שבזמן פרעות תרפ”ט נמלט לתל־אביב. אמו, מרים, בת למשפחת מני הידועה, היתה אחות רחמניה וגידלה משפחה בת שש נפשות. למשפחת האב, היושבת בארץ מזה 12 דורות, אדמות וכרמים באזור חברון, אשר ננטשו בפרעות.
כבן למשפחה עתיקת שורשים, היה טבעי כי רפאל ימצא את דרכו למחתרת, כדי לשחרר את המולדת משלטון זר. ואמנם, בגיל 16 התגייס ללח”י ועסק בפעילות מגוונת. באחד המקרים, בשעת הדבקת כרוזים בחוצות, נתפש על־ידי הבריטים, לאחר מרדף משוריינים, שהיה מלוּוה ביריות. נשפט ונידון לשנת מאסר. לאחר מספר חודשים נמלט מהכלא והסתתר אצל אוהדי לח”י בצפון הארץ, תוך המשך פעילותו המחתרתית. כעבור זמן־מה שב לתל־אביב.
במאי 1948 התגייס לצה”ל במסגרת חטיבת לח”י, לגדוד 89 בחטיבה 8, והשתתף בקרבות החטיבה. בעת ההפוגה נפצע בתאונת ג’יפ, הועבר לבית־חולים, משם ברח וחזר לגדוד כדי להשתתף בקרבות. כאן הכיר את טובה לבית רומנו, אשר הייתה חובשת בגדוד 82, אותה נשא לאשה לאחר שוך הקרבות. עם שחרורם מצה”ל, היו רפאל וטובה בין החברים המייסדים של קבוצת נוה־יאיר בנגב, מייסודם של חברי לח”י, לאחר שעברו את תקופת ההכשרה בקיבוץ אפיקים. לאחר התפרקות הקבוצה, נישאו השניים ועברו להתגורר בכפר־סבא. תחילה עבד במפעלי ים המלח בסדום, לימים יסד בית־מלאכה לעיבוד שבבי.
במילואים השתתף בכל מלחמות ישראל שלאחר מלחמת העצמאות: מבצע קדש, ששת הימים, יום הכיפורים. כן שירת בסיירת “אגוז” וסיירת “שקד”. בשנת 1981 עבר לבנימינה, שם בנה בית למשפחתו. בשנים האחרונות לקה באירוע מוחי קל. התגורר עם אשתו בכפר־סבא. לבני הזוג ארבעה ילדים ואחד־עשר נכדים.
רפאל נפטר לאחר מחלה ביום י”ב בסיון תשס”א, 3 ביוני 2001. נטמן בבית־העלמין בכפר־סבא.