בסוף 1941, התגבשה בלח”י קבוצת מפקדה חדשה שכללה לוחמים שהיו קרובים ליאיר ולדרכו. מלבד יאיר, היא כללה את יעקב (ישקה) אליאב, שהיה קצין התכנון וההדרכה, יוסף ברושי שהיה מדריך הקורסים, יהושע זטלר שהיה האחראי הארצי לארגון ולפעולות ומפקד איזור תל אביב ויצחק צלניק, שמונה בתחילה למפקד ירושלים, ולאחר מכן עבר לתל אביב והיה לסגנו של יאיר. אולם התקופה שבין דצמבר 1941 ופברואר 1942 היתה תקופה קשה מאוד עבור מחתרת לח”י הצעירה, כאשר בזה אחר זה, מפקדיה ולוחמיה נופלים ונעצרים.
ב-2 בדצמבר 1941 נעצרו שישה חברי לח”י, ביניהם זטלר, ברושי ויצחק שמיר, בדירת מסתור בתל אביב. זטלר הסתתר בדירה והבריטים הגיעו לשם בעקבותיו. לאחר שעצרו אותו, הם המתינו בדירה. לרוע המזל, באותו יום נקבעה פגישה מחתרתית, ומשתתפיה שהגיעו לדירה, נעצרו אף הם. פתק בכיסו של שמיר הסגיר לבריטים את כתובתו, ולאחר שהגיעו לשם, מצאו חבר לח”י נוסף ועצרו גם אותו.
ב־27 בינואר 1942, פרצו הבריטים לדירת מסתור בדיזנגוף 30, בה שהו באותה עת ארבעה חברי מחתרת: אברהם אמפר, זליג ז’ק, יעקב אליאב ומשה סבוראי. הבריטים ירו ופצעו את כולם. אמפר וז’ק נפטרו מפצעיהם לאחר חמישה ימים. אליאב וסבוראי נותרו במעצר.
כשבועיים לאחר מכן, ב-12 בפברואר, נרצח יאיר בדירת המסתור ברחוב מזרחי ב’ 8 בשכונת פלורנטין.
צלניק, סגנו של יאיר והיחידי שנותר מקבוצת המפקדה, הפך לאחראי למחתרת יחד עם שני לוחמים נוספים, צבי פרונין, שהיה האחראי על סניף לח”י בתל אביב ונחמיה טורנברג, שהיה האחראי על סניף המחתרת בחיפה. מכיוון שצלניק היה הבכיר שבהם, הוא נתפס כאחראי למחתרת כולה.
לח”י היתה במצב קשה מאוד באותה תקופה. מאמצי השיקום, כמו גם פעולות הנקם על רצח יאיר, נכשלו, וחילוקי דעות נתגלעו בין “זקני השבט”, ובין אנשי השורה הצעירים. פניהם של רבים מחברי לח”י הבכירים הופיעו במודעות מבוקשים של הבריטים כשפרסים נאים מובטחים למי שיסגיר אותם.
אולם בכך לא הסתיימו הבעיות, משום שהיו לוחמים שחלקו על החלטותיו של צלניק ולא סרו למרותו, מה שהגביל את יכולתו לפעול. בנוסף לכך, הוא חשש שהבריטים יפגעו במשפחתו. במאי 1942, בלי אפשרות לפעול, הוא הסגיר את עצמו למשטרה. גם טורנברג נאלץ להסגיר את עצמו, לאחר שסולק ממקום מחבואו בנחלת ז’בוטינסקי על ידי אחד ממפקדי אצ”ל.
המחתרת נותרה עם שני מפקדים, פרונין וכהן, שלמרות שהוכרז פרס על ראשם, סירבו להיכנע והיו נחושים לבנות מחדש את המחתרת. פרונין, שהיה חבר מפקדה, ראה את עצמו כמפקד הבא של לח”י, אך אופיו השקט והעדין לא התאים לכך. מלבד זאת, הוא גם ישב בחיפה עד רצח יאיר, כך שלא היה מעורה לחלוטין בין החברים במרכז ומנותק מכל ההתרחשויות והפעולות בתל אביב וסביבותיה. יהושע כהן, לעומתו, שהיה חבר לח”י מן השורה, היה כריזמטי ובורך ביכולת פיקוד מרשימה. ללא החלטה פורמלית, מתוקף אישיותו וסמכותו הטבעית, עברה ההנהגה לידיו של כהן.
כהן לא היה מודע בתחילה למצוד נגדו, משום שמודעות המבוקשים לא הגיעו לנס ציונה, שם הסתתר עם חברתו, נחמה (נחה) סרולוביץ’, שלימים תהפוך לאשתו. רק לאחר שהגיע לפגישה בתל אביב, סיפר לו אחד מחברי לח”י שהעיר מלאה בתמונותיו והוא מיהר לשוב לנס ציונה. הוא הבין שעליו להתרחק ממקומות יישוב לחלוטין והחליט להסתתר בפרדסי כפר סבא, באיזור שהיה מוכר לו היטב. סרולוביץ’ פינתה את דירתם ולאחר מכן הצטרפה אליו בפרדסים, שם גרו בדוחק, ניזונים בעיקר מתפוזים ולחם. במקום סיסמא, בחרו השניים שריקה של קטע מההמנון הצרפתי, המארסייז, ששימשה כאות המוסכם ביניהם במשך כל תקופת הפרדסים.
נתן ילין-מור כותב בספרו “לוחמי חרות ישראל” על השניים: “על ציוץ הציפורים נוסף באביב ארבעים ושתיים, בפרדסי השרון, צפצוף מיוחד במינו. היתה זו שריקתם של נער ונערה בני עשרים. הם חיפשו זו את זה, לא כדי להתבודד ולספר על אהבתם. ההחלטה להתרחק מחברת אדם גמלה בלב הצעיר, יען כי המשטרה הבריטית פרסמה את תמונתו והבטיחה פרס על תפיסתו, חי או מת… ‘לנשק – אזרחים’ שרקה הנערה, בצעדה בין עצי הפרדס. היא השמיעה שוב את שריקתה לאחר עשרות צעדים נוספים. כך מהלכת היתה בזריזות… כשלבה משנה את קצב פעימותיו לפי קצת התקוות והחששות שעלו בו. שמא נתגלה? שמא נאלץ להרחיק נדוד, ואיך תמצא היא עתה קשר עמו? ואולי נרדם תחת אחד העצים? בסוף היתה נשמעת התשובה: ‘לנשק – אזרחים'”… כעבור שניות מעטות היתה לידו. זהירות מיוחדת היתה למותר. בימי מלחמת העולם הוזנחו פרדסים, מחוסר שווקים. לא היה כדאי לדשנם, להשקותם ולקטוף את הפרי. השניים, הנער והנערה, היו מלכי הפרדס…. בדורות הבאים כאשר ישאלו מי הציל את המחתרת הלוחמת מכיליון, מי שמר על שלהבת המלחמה לחרות לבל-תכבה – אולי ימצא מי שידע להשיב: יהושע כהן ועמו חברתו נחה”.
בשבתו בפרדסים, השתדל כהן לשקם את המחתרת ולאסוף אליו את שרידיה המעטים. לאחר שחבריה של קבוצת טוביה פרשו באופן זמני וירדו למחתרת עמוקה, נותרה למעשה קבוצה מגובשת אחת – הקבוצה הפולנית, שמנתה כשלושים איש. סרולוביץ’ היתה זו שיצרה איתם את הקשר והפכה למקשרת בינם ובין כהן. השכם בבוקר היא היתה יוצאת לתל אביב, נפגשת עם חברי המחתרת, מתאמת להם פגישות עם כהן בתל אביב או בפרדסים. כך, מהמסתור, ליכד כהן מאחוריו את הלוחמים המעטים שנותרו והנהיג את לח”י. מכתב מרוני שטרן, אלמנתו של יאיר, עודד אותו במיוחד. היא כתבה לו: “חשבתי שאחרי מותו הכל נגמר, והנה זכיתי לראות שבכל זאת יש לו המשך”.
אליעזר בן עמי מעיד: “לשיא מסירותה, נאמנותה וקנאותה למחתרת הגיעה נחה דווקא בימיה הקשים ביותר של המחתרת לאחר רציחתו של יאיר, כשמרבית חבריה נאסרו ונפוצו, ורק גחלת אחת לחשה ושמרה על אש המלחמה וההמשך – … יהושע כהן… בימים הקשים ההם נקשרו נחה ויהושע והיו ליחידה אחת בלתי ניתנת להפרדה… רק הודות לנחה יכול היה [יהושע]… להחזיק מעמד ולהישרד פיסית, כי מבחינה נפשית הם היו ללא חת, ושום אירוע, אף המר ביותר… לא שבר רוחם… נחה היתה המקשרת של יהושע עם שרידי המחתרת, שהיו פזורים בארץ, ודאגה לכל מחסורו, כשהיה נרדף ומבוקש וחי בפרדסים כחיה נודדת וכמחסן נשק נייד”.
יאיר שלג מספר בספרו “רוח מדבר”, על האופן שבו אורגנו פגישותיו של כהן עם אנשי לח”י: “מתחת לספסל מסויים בגן מאיר היתה מונחת קופסת פח ובתוכה פתק עם ציון מועד הפגישה ומקומה. יהושע הקפיד על דיוק מוחלט בזמני הפגישות, שכן איחור עלול היה להתפרש כמעצר ובמקרה כזה יהושע היה פשוט מסתלק” (עמ’ 46).
בזמן שהותו בפרדסים, גידל כהן את זקנו, מה שסייע לו להסתיר את שהותו בבואו לתל אביב. הוא אף נהג להתחפש – לעתים לבש חולצה כחולה של “השומר הצעיר”, לעתים התלבש כבחור ישיבה ולעתים התחזה כנכה.
כהן חשש להיפגש עם חברים בפרדסים, מחשש שאלה ייתפסו, יעונו ויסגירו את מקומו. רק מעטים, דוגמת אמו או אנשל שפילמן, שנחשבו כאמינים ומקורבים במיוחד, זכו לפגוש אותו בחורשה הסמוכה לפרדסים, כדי שגם הם לא יידעו בדיוק היכן הוא מסתתר. היחידה שחלקה עם כהן את חייו בפרדס היתה סרולוביץ’. שלג מתאר אותה כ”שותפה הנאמנה, מתאמת הפגישות, המקשרת בינו לעולם החיצון” ומרחיב כיצד היא סייעה ותמכה בכהן, בכך ש”דאגה גם לקיום הכלכלי, לצרכיו של יהושע וגם לצרכיה של המחתרת כולה. מיהושע ביקשה במפורש שיפטור את עצמו מן הדאגה הזו. נחמה, שמראה לא היה מוכר למשטרה (רק ידעו על הימצאות של נערה לצדו של יהושע), היתה רצה לרעננה, כדי למכור את התפוזים מן הפרדס ולזכות תמורתם בסכום כסף; היא היתה נוסעת מדי שבוע לתל אביב להיפגש עם שפילמן ולקבל ממנו דמי קיום לאותו שבוע. כאשר הכסף אזל וברעננה סירבו לקנות את התפוזים, מכרו החברים את חפציהם האישיים, ואף גנבו מהוריהם, כדי להתקיים. נחמה פתחה בכך: היא לקחה בגניבה את טבעת הזהב של אמה ומשכנה אותה. תודי (מתתיהו פלאי) משכן את הענק של סבתו ואילו אליעזר בן עמי מכר את המתנות שקיבל לבר המצווה. תרומה מרגשת במיוחד באה מאסירי המחתרת בירושלים ובעכו, שצירפו פרוטה ופרוטה ושלחו ליהושע” (עמ’ 47).
לאחר הכשלונות לנקום את רצח יאיר, לח”י תחת הנהגתו של כהן כמעט ולא קיימה פעילויות צבאיות והדגש הושם על “שמירת הגחלת”, כדבריו של כהן עצמו. מה שנעשה היה להמשיך ולחזק את הקשרים בין הלוחמים, לעדכן את חברי לח”י העצורים ולקבל מהם מידע מועיל, להקפיד על אימונים לשעת פעולה עתידית, לגייס כספים ומדי פעם להדביק כרוזים. כהן, בסיועה של סרולוביץ’, היה זה שריכז את כל הפעילות הזו.
בקיץ 1942 עזבו כהן וסרולוביץ’ את הפרדסים ועברו לתל אביב, מכיוון שחששו שיתגלו שם אך בעיקר מכיוון שכבר לא היה ניתן להפעיל את המחתרת מהפרדסים הרחוקים. כהן החל להעביר שיעורי נשק ובעיקר הסתגר בדירת המסתור שלו כארי בסוגר, כשסרולוביץ’ דואגת לצרכי הקיום היומיומיים שלהם. היה ברור לכל שעד שלח”י לא תגדיל את מצבת כוח האדם שלה, לא יהיה אפשר להגדיל באופן משמעותי את היקף פעולותיהם ולחדש כקדם את ימיה של המחתרת. כהן וחבריו החלו לתכנן את בריחתם של חלק מאנשי לח”י מחנה המעצר מזרעה ושלחו את אנשל שפילמן לארגן את העניין. אולם עוד לפני שהיה בידו לעשות משהו, הצליחו יצחק שמיר ואליהו גלעדי להימלט ממזרעה ב- 31 באוגוסט 1942. הם הגיעו לחיפה ומשם, יחד עם סרולוביץ’ ולוחם נוסף, נסעו לפרדסים להיפגש עם כהן, שעידכן אותם לגבי מצבה של לח”י, אנשיה שבשטח, מצבה הכספי ומלאי הנשק שלה. בזכותו של כהן, עברה לח”י את תקופת המשבר הקשה שלה ובניגוד לתקוותיהם של הבריטים –לא התפרקה. עתה עבר הפיקוד על המחתרת ליצחק שמיר.
