רפאל נולד ביום א׳ ניסן, תרצ"א, 19 במרץ 1931 בקאראקס שבוונצואלה. עלה ארצה בשנת 1934 באניה "ורג'יליו" יחד עם הוריו, מלכה ועזרא ממיה. המשפחה התיישבה בעיר העתיקה בירושלים.

בעודו רך בשנים, נתייתם מאביו, ואמו המשיכה לגדלו בעזרת הסבא והסבתא. למד ב"תלמוד תורה" של הספרדים בעיר העתיקה, ובסיום לימודיו פנה לייצור מטאטאים, כדי לעזור בפרנסת המשפחה. היה לעזר רב לאמו האלמנה, ובשעות הפנאי היה מרבה לקרוא ספרים. אמו והוריה עשו כל מאמץ לגונן עליו בשל בריאותו הלקויה.
למרות מחלתו, הצטרף רפאל ללוחמי חרות ישראל והשתתף בפעולות נגד הערבים בירושלים.

למחרת הכרזת העצמאות של מדינת ישראל, ביום ו' באייר, תש"ח, 15 במאי 1948 נפצע בכתפו מכדור אנטי טנקי בעת כיבוש נוטר־דאם. חברו מילדות, דוד אביטל, חבר לח"י אף הוא, ראה אותו מוטל על אלונקה בתחנת האיסוף, שוחח עמו, ניסה לעודדו ואף הודיע למשפחתו על פציעתו, אך כעבור זמן קצר נפטר מפצעיו.

רפאל נקבר בבית הקברות בסנהדריה, וביום י"ח באב, תשי"ג, 30 ביולי 1953 הועברו עצמותיו למנוחת עולמים בבית הקברות הצבאי בהר הרצל.