יונתן נולד בירושלים בשכונת בתי אונגרן ביום י”ח בטבת תרפ”ט, 31 בדצמבר 1928 לאביו צבי, שהיה רב, ולאִמו אהובה. גדל במשפחה חרדית של רבנים ובה שִשה אחים ואחיות. למד בתלמוד תורה ובישיבת “חתם סופר” והוסמך לרב. חיפש דרכים לפרוץ מהשכונה החרדית, ובעזרת מורים פרטיים ושיעורי ערב רכש השכלה כללית ואף עמד בבחינות בגרות.

בהיותו בגיל 14 הצטרף לתנועת ברית החשמונאים, ובשנת 1945, לאחר שחלק גדול ממשפחות הוריו נספו בשואה, התגייס ללוחמי חרות ישראל. השתתף בפעולה של הטלת רימונים על חיילים בריטים יחד עם משה ברזני. לאחר הביצוע החל לסגת מהמקום, בעוד שברזני נתפס ונידון למוות.

בשנת 1946, מאחר שהיה מבוקש על ידי הבריטים, הועבר לתל אביב, שם החל לעבוד בבית הדפוס המחתרתי של התנועה. הוצאה לו תעודת זהות מזויפת על שם חיים קליין, ונעשה חלק ממנגנון הקבע של לח”י.

בשנת 1948 חזר לירושלים והשתתף במסגרת החטיבה הלוחמת של לח”י בפעולות הקרב בבירה. עם הפירוק התגייס לצה”ל והוצב במחלקת חבלה בחטיבה 6, הירושלמית, בה שרת כשנתיים ועוד מספר שנים במילואים. בתקופה זו היה פעיל במשמרת הצעירה של תנועת “המזרחי”.

בשנת 1957 נשא יהונתן לאִשה את סימה קורמן, פקידה ומזכירה בבית ספר תיכון. הם מתגוררים בירושלים כל השנים ולהם שתי בנות ונכדים.

יונתן התקבל לעבודה במשרד הדתות, שבו הגיע לדרגת מנהל מחלקת הווי דתי. פרש לגמלאות בשנת 1993, לאחר 40 שנות שרות.