ד”ר הפנר נולד ביום ב’ באלול תרנ”א, 5 בספטמבר 1891 בפוזנן, גרמניה (היום פולין) לאביו, ד”ר אהרן הפנר, רב מסורתי בברסלאו, שכתב את תולדות יהודי פוזנן ב”אנציקלופדיה יודאיקה”. היה הבכור לשמונה אחיות. כבר משחר נעוריו היה ציוני נלהב, עוד בהיותו סטודנט לרפואה. לאחר ששירת כרופא בצבא הגרמני, במלחמת העולם הראשונה, הקים בהמבורג משפחה עם יוכבד (אירמה) לבית רמר. כציוני מאמין, הקים בעירו תנועת נוער דתית לאומית, “צעירי מזרחי”, בעוד רעייתו עוסקת בהכשרת צעירים יהודים לקראת עלייתם לארץ ישראל. בשנת 1932 השתתף במשלחת מכבי־גרמניה למכביה הראשונה בתל אביב.
עלה לארץ ישראל עם כל משפחתו באוקטובר 1934, שנה לאחר עליית היטלר לשלטון. משלא נתקבל לקיבוץ (בשל “גודל” המשפחה: שלושה ילדים), השתקע בשכונת כרם אברהם בירושלים. כבעל דעות לאומיות, הצטרף לתנועה הרוויזיוניסטית. את בניו הכניס לבית הספר הדתי “תחכמוני” ואת הבת לבית הספר “למל”; הבנים, שהתחנכו תחילה ב”מכבי הצעיר”, עברו אחר כך לבית”ר.
היה פעיל בארגון הצבאי הלאומי שלפני הפילוג, ואף נשלח עם ירמיהו הלפרין, בתחילת 1939, לבלגיה, לגייס כספים לפעולות הארגון, העפלה וחימוש. עם פרוץ המלחמה, הצליח לחזור ארצה על סיפון ספינת מעפילים.
בימי המלחמה נגד השלטון הזר, סייע בכל מאודו לשני פלגי הארגון הצבאי לאומי – לאצ”ל וללח”י. כרופא מנתח, טיפל בפצועים של שתי התנועות בכל מקום ובכל התנאים, תוך סיכון עצמו ומשפחתו. רבים מנפגעי לח”י מצאו את תשועתם בקליניקה הקטנה שהוקמה בביתו בירושלים. בין המטופלים היה גם “דוב הבלונדיני”. ד”ר הפנר סייע לבריחתם של גאולה כהן וד”ר ישראל אלדד. בהמשך אירגן קורסים לעזרה ראשונה לבנות לח”י, כמו גם לבנות האצ”ל.
לאחר פיצוץ תחנת הרכבת בירושלים, באוקטובר 1946, בה נפצע מאיר פיינשטיין, נעצר ד”ר הפנר יחד עם כל משפחתו, מלבד האם. לאחר שביתת רעב, ובהתערבות ההסתדרות הרפואית, שוחרר כעבור שבוע.
מתוך אכזבה על המציאות בארץ ישראל המחולקת, לאחר קום המדינה, פרש מכל פעילות ציבורית ומפלגתית, שכן לא יכול היה להשלים עם הפער שבין החלום הציוני לבין אי הצדק וההתנכרות של מערכות השלטון ללוחמים שסיכנו נפשם למען הקמת מדינת ישראל.
לזוג הפנר שלושה ילדים, שנולדו בגרמניה טרם עלייתם ארצה. הבנים: מנחם ויעקב והבת שולמית; נכדים ונינים.
ד”ר הפנר נפטר ביום כ”א בכסלו תשל”ד, 16 בדצמבר 1973 והוא בן 83. הובא למנוחות בבית העלמין הר המנוחות בירושלים.
