רפאל נולד ביום י”א בחשון תרפ”ט, 25 באוקטובר 1928 בחבל קומוטיני ביוון לאביו, אברהם, ולאִמו, רחל לבית חננאל. המשפחה עלתה ארצה בשנת 1934 ובראשית צעדיה בארץ נאבקה קשה על קיומה. לרפי היו שלוֹשה אחים ושתי אחיות. הוא למד בבית־הספר יסוד המעלה ובית־ספר ביאליק בתל־אביב. היה חבר תנועת “השומר הצעיר” והיה בחברת הנוער בקיבוץ תל־עמל במשך שנים.

בשנת 1943 עזב את הקיבוץ כדי לסייע בפרנסת המשפחה ועבד כשוליה של חשמלאי. באותה תקופה גויס לגדנ”ע. בשנת 1944 חלה תפנית בהשקפותיו, לאחר ששוכנע בצורך לסלק את השלטון הבריטי מהארץ, והוא התגייס ללח”י. הוא הועסק בהדבקת כרוזים שלפעמים הייתה כרוכה בקטטות עם אנשי ההגנה שניסו למנוע את ההדבקה.

אחר צורף למחלקת הפעולות והשתתף במבצעים רבים, לרבות החרמות כספים לצורך מימון המלחמה, כמו השוד הגדול מבנק ברקלייס, ברחוב אלנבי בתל־אביב, בפיקודו של דב (הבלונדיני), פעולה בה נהרגו שני בריטים שהיו במשוריין, וכמו מיקוש מסילת הברזל ופיצוצה, החרמת מכונית דואר, ששימשה לפיצוץ המפקדה הבריטית בשרונה (הקריה), חטיפת זוג לשם חקירתם, בחשד לשיתוף פעולה עם האויב ועוד.

רפי השתתף במסדר הגיוס של חברי לח”י לצה”ל שנערך בשייח־מוניס, ממנו הוסעו למחנה הקלט (בקו”ם), וצורף לגדוד 89, הקומנדו של משה דיין, בחטיבה 8. השתתף בקרבות שחרור יהודיה, דיר טריף, קולה, בית־נבאללה, בן־שמן, פשיטה על לוד ורמלה, פתיחת הדרך לנגב, כיבוש בית־ג’וברין, שם נפצע. שבוע אחרי פציעתו חזר ליחידתו והשתתף במצור על כיס פלוג’ה. הוא גם השתתף בהתקפה, בגליל, על כפר־קאנה וכפר־קמה, עד לכניעתם.

במיבצע יואב השתתף בהתקפה על עוג’ה־אל־חפיר. הזחל”ם שלו נפגע ועלה באש. שניים מחבריו נהרגו והוא וחבר נוסף נפצעו (בפעולה זו נהרגו דב ורבים וטובים אחרים). לאחר־מכן השתתף בפשיטה ובכיבוש משטרת פלוג’ה.

אחרי מלחמת הקוממיות החל רפי לעבוד בפחחות רכב. בשנת 1955 נשא לאִשה את רבקה לבית בקר ונולדו להם בן ושתי בנות.

רפאל נפטר ביום ז’ בטבת תשע”ח, 25 בדצמבר 2017 והובא למנוחות בבית העלמין באילת.