נפתלי נולד ביום י”ט בחשוון תרע”ד, 19 בנובמבר 1913 במוסקבה לאליעזר ולאולגה. בפרוץ מהפיכת 1917, עברה המשפחה לריגה, שם סיים את לימודיו התיכונים ונסע ללמוד היסטוריה וכלכלה בגרמניה. היה פעיל בארגוני סטודנטים ציונים. בעלות היטלר לשלטון (שנת 1933), הפסיק את לימודיו ועלה ארצה עם אשתו לנה. למד בלשנות באוניברסיטה העברית בירושלים, אך נאלץ להפסיק את לימודיו ועבד לפרנסתו בחברת ‘לויד טריאסטינו’ בתל אביב.

נפתלי השתייך לתנועה הרוויזיוניסטית ונחשב לאחד הקיצוניים בה. בשנת 1939 הצטרף לאצ”ל, ובהוראת המפקדה הפסיק את עבודתו האזרחית והתמסר לעבודת המחתרת. תחילה עמד בראש מחלקת הכספים. הוא היה איש מרשים בהופעתו ומעורר כבוד, בקיא בשבע שפות, ונועד להביא תועלת רבה למחתרת בתפקידים בכירים ביותר.

עם הפילוג באצ”ל, הצטרף אל אברהם שטרן “יאיר”. עד מהרה זכה להערכתו של יאיר ששלח אותו בשליחות מדינית עדינה לביירות, שהיתה תחת השלטון הצרפתי של ‘וישי’ – להעביר הצעה לברלין ולרומא: לח”י תמשיך מלחמתה בבריטים, תמורת הכרה בזכותם של היהודים למדינה עברית וסיוע בהעברת יהודים מאירופה לארץ ישראל. אך לבנון נכבשה על ידי הבריטים, ונפתלי נעצר בשנת 1941, בטרם השלים את שליחותו.

הוחזר ארצה ונכלא במחנה המעצר במזרע. משם הועבר לכלא עכו והוחזק שלוש שנים במעצר מבודד. אך רוחו לא נשברה: הוא ניצל את הזמן להעמקת ידיעותיו בעברית ובתנ”ך. נמנה עם המשלוח הראשון של 251 עצורים, שהבריטים הגלו לאפריקה ביום 19 באוקטובר 1944.

הוחזק במחנות המעצר בסמבל ליד אסמרה שבאריתריאה, בקארתאגו בסודן, ושוב באריתריאה. נפתלי סבל ממחלת קיבה, ועוד בהיותו כלוא בעכו אושפז בבית חולים בחיפה. מחלתו החמירה במעצר והוא אושפז שוב בבית חולים, שם קיבל טיפול מרופא חסר ניסיון ודרש שיחזירוהו למחנה. כשחש כי סופו קרב, אמר לחבריו: “אם יקרה לי משהו, רצוני שתעלו את עצמותי ארצה.” הוא נפטר ביום י”ט בניסן תש”ו, 20 באפריל 1946, בבית החולים הצבאי במי־בר לאחר סבל רב, אחרי חמש שנות מעצר בארץ ובגלות.

עצמותיו הועלו למדינת ישראל בשנת 1949 ונטמנו בירושלים, יחד עם עצמותיהם של שאול הגלילי ושל אליהו עזרא, שנרצחו ביום 17 בינואר 1946 על ידי שומרים סודאנים באריתריאה. השאיר אשה – לנה לבית וינר.