עמנואל נולד ביום ט’ בחשון תרע”ח, 25 באוקטובר 1917 בעיירה גרייבו שבפולין, לאמו, רוזה, ולאביו, יצחק, שעסק במסחר קמעונאי, הורים בעלי מסורת יהודית וציונית. היה הרביעי בין שמונה אחים ואחיות. למד בבית ספר עברי “תרבות” ביאליסטוק, הצטרף לתנועת בית”ר בגיל .15 עם הקמת התאים הלאומיים של האצ”ל בפולין, היה בין הראשונים שהצטרפו. סייע לשליחי הארגון, עסק בפעולות הקשורות במגביות למען הארגון, ונמצא ראוי להיות מפקד באצ”ל.
בשנת 1938 נשלח לקורס הראשון של האצ”ל בזופיובקה, היה גם פעיל ב”ברית החייל” של התנועה הרוויזיוניסטית. בשנת 1938 הגשים את חלומו ועלה ארצה בעליית “אף על פי” של בית”ר. התגייס לפלוגת בית”ר בנחלת יצחק, על יד ירושלים, ועבד במחצבות. עם הגיעו לארץ, התגייס לאצ”ל ונטל חלק פעיל בעבודת המחתרת.
בפילוג, הצטרף ליאיר ופעל באזור ירושלים. היה בעל אופי חזק, אמיץ, ומוכן לכל פעולה. לאחר רצח יאיר ומאסר חברים רבים, היה בין המעטים שנשארו נאמנים לדרך, במרס 1942, נעצר בדירת המחתרת בחיפה. ישב במחנות המעצר מיזרע ולטרון, השתתף בחפירת המנהרה דרכה ברחו 20 לוחמי לח”י. עוד לפני בריחת ה־20, התחזה לחולה והובל לבית החולים הממשלתי בירושלים, משם ברח בהערימו על שומריו.
ביום 1 בנובמבר 1943, חזר ללטרון לקבל, מבחוץ, את פני חבריו הבורחים ולהובילם לחופש. מאז התמסר עמנואל לחיזוקה ולבניינה של המחתרת. הוטל עליו לארגן מחלקת כוח אדם, שעסקה במגוון תפקידים: אספקת חומרים לפעולות, מחסנים לנשק, ארגון אוהדים, גיוס כספים. הוא השתתף במבצעים רבים, בין היתר פיקד על ניסיון ההתנקשות בקצין המשטרה הבריטי פורד בתל אביב, בהתקפות על בסיסי השלטון הבריטי, כגון בניין הבולשת ביפו, שוטרים וחיילים. עסק בהסברה ולקח חלק בהדפסת עיתון לח”י, “החזית”. לאחר החלטת האו”ם על החלוקה פעל נגד הכנופיות הערביות. בתקופת המצור על ירושלים, אירגן שיירות ג’יפים, עמוסי תחמושת ומזון, ללוחמים בבירה.
השתתף ביסוד מפלגת “הלוחמים”. עם צאת הבריטים, נשא לאִשה את חברת לח”י גאולה כהן. עבד כנהג משאית בתל אביב ואחר התיישב בירושלים, שם עבד באגף ההנדסה, בעיריית ירושלים. עסק בהתנדבות בכל הנושאים שהיו קשורים בהנצחת ספרות לח”י והירחון “סולם”. שנים רבות שימש מזכיר סניף “חרות” בירושלים והשתלב בכל הפעילות הפוליטית של התנועה.
נפטר ביום כ”ג בטבת תשל”ה, 6 בינואר 1975, והובא למנוחות בהר המנוחות בירושלים. בן 59 היה במותו. בנו צחי הנגבי, חבר־כנסת ושר בממשלת ישראל.
בשנת 1965 שונה שם הרחוב שבו נרצח יאיר, לרחוב אברהם שטרן. ב-21 בינואר 1965 הערך טקס חגיגי בנוכחות ראש העיר וחברי לח"י. מימין: עמנואל הנגבי, צבי קיסרי ("פרטיזן"), יאיר שטרן בנו של מחולל לח"י, רוני שטרן-זמיר אלמנת יאיר, דוד שטרן אחי יאיר ורחמים חכמוב. משמאל: צבי שוהמי
הבורחים ואלה שסייעו מבחוץ במפגש לאחר קום המדינה. שורה אחורית מימין: נתן ילין-מור, אנשל שפילמן, שמעון זיו, מנחם שיף, יצחק אבן-זוהר, צבי שוהמי, עמנואל הנגבי, יהודה בן-דוד, יהודה גור, בנימין אורלי, שלמה יעקבי. שורה קדמית מימין: ישראל ירדני ("בעל החומה"), משה ערמוני, ברוך בן-דב ואברהם שטיינברג.
בהיותו במעצר במחנה לטרון, נדר ישראל אלדד שלאחר שחרור הארץ הוא יצעד מהמחנה להר הבית. ב-26 במאי 1968, קיים אלדד את נדרו יחד עם חברים מן המעצר וחוגים הקרובים אליהם. שורה קדמית, מימין: הרב משה צבי סגל, צבי שוהמי, שלמה הררי ("יוחנן"), ישראל אלדד, עמנואל הנגבי ודוד אלמוג ("נתן").