יאיר נרצח בכ”ה בשבט תש”ב. בלווייתו נכחו מתי מעט – אמו, לאה הדסה, אחיו, דוד, וגיסתו, הינדה. אלמנתו, רוני, שהיתה בהיריון, לא הגיעה ללוויה לבקשתו של דוד, כדי שלא יבולע לה או לעובר שנשאה ברחמה. מכיוון שהיה ברור לכל כי הלוויה תהיה תחת מעקב משטרתי, אנשי לח”י לא יכלו להגיע לחלוק כבוד אחרון למנהיגם, כדי שלא ייעצרו. חבר לח”י היחיד שראה את הלוויה היה אריה רוזנזון – “יצחק”, שדירתו גבלה בבית הקברות.
דוד תיאר את הלוויה: “הלווייתו נערכה באותו יום בשעה שלוש, בחלקה ל”ט שבנחלת יצחק. בלשים, צנחנים בריטים ושריוניות הקיפו אותה שעה את בית העלמין. אמרתי קדיש. האם היתה מאובנת מכאב. הינדה תמכה בה ברוך ואהבה. בביתנו ישבנו ‘שבעה’.”
לאורך השנים, היו חברי לח”י שפקדו את הקבר למרות הסיכון שבדבר, אולם לאזכרה הם לא הגיעו, עקב החשש הכמעט ודאי שהבריטים יציבו מעקב על בית העלמין. כך שרק לאחר תום הכיבוש הבריטי, ב-24 בפברואר 1949, נערכה ליאיר אזכרה פומבית, שאפשרה לחברי לח”י ואוהדיה לחלוק לו את הכבוד המגיע לו.
לאחר האזכרה, נערך כינוס של מפלגת הלוחמים בבית העם בתל אביב, שם דנו חברי לח”י בעתידה של לח”י במדינת ישראל.
