נתן נולד ביום כ”א בתשרי תרפ”ה, 19 באוקטובר 1924, כילד הראשון בבני־ברק לאביו מרדכי מנחם מנדל, מחסידי גור, ולאמו לאה, שעלו מפולין ב־1924 והיו ממייסדי המושבה הדתית בני־ברק, בקרבת הישוב הישראלי הקדום שממזרח לתל־אביב. לימים עברה המשפחה לדרום תל־אביב. נתן התחנך בבתי־ספר חרדיים והיה חבר בתנועת הנוער הדתית לאומית “ברית החשמונאים”.

במלחמת העולם השניה, כשחיילים זרים הציפו את הארץ, התפשטה תופעה, שבחורות יהודיות החלו “לצאת” עם החיילים הזרים. נתן, עם כמה צעירים דתיים, התארגנו בקבוצה שנקראה “בני־פנחס” (על שם פנחס, שקינא לה’ נגד ההתיידדות עם בנות מואב בבעל־פעור), שמטרתה לשבש ולהפריע להתפתחות תופעה של נישואי תערובת. עד שהגיעו גייסי לח”י אל חברי הקבוצה וחלק מהם הצטרפו למחתרת.

נתן השתלב בפעילות לח”י והקדיש לה את כל עיתותיו, תחילה במחלקה ו’ (מודיעין), אחַר במחלקת העורף, בגיוס רופאים, מציאת מקומות מסתור למבוקשים ובסיסים ליוצאים לפעולות קרב. בין מגוייסיו היתה גם אחותו, מלכה הפנר, שהשתתפה בהתקפה על בתי־המלאכה של הרכבת במפרץ חיפה, נפצעה קשה ונאסרה. הוא היה גם חבר בוועדות קבלה למגוייסים חדשים למחתרת. אחיו הצעיר, יעקב, בן ה־14, נאסר. הבריטים סרבו לשחררו אלא אם יסגיר נתן את עצמו. נתן לא התמסר ויעקב שוחרר רק עם יציאת הבריטים מהארץ. הוריו סייעו רבות למחתרת ואחיו הצטרפו גם הם למלחמתה.

בשנת תש”י נשא נתן לאִשה את צפורה לבית פרידמן (נפטרה בכ”ז בחשון תשמ”ו, נובמבר 1985) ונולדו להם חמישה ילדים נכדים ונינים.

נתן שרת בצה”ל בחטיבה 10. לאחר שחרורו פנה למשפטים והוסמך כטוען רבני, ענף בו פעל תקופה ארוכה, עד שנתבקש על־ידי קהילת בלפסט בצפון אירלנד לשבת על כס הרבנות המקומית. הוא נענה לפנייתם ובשנים 1983–1988 שימש כרבם של יהודי צפון אירלנד ופעל רבות לחיזוק המודעות היהודית בקרב חברי הקהילה. גם לאחר שחזר ארצה (עקב פטירת רעייתו צפורה ז”ל), המשיך לשמש כרב הקהילה – על פי החלטת האספה הכללית של קהילת יהודי בלפסט.

נתן נפטר ביום י”ב באלול תש”ס, 12 בספטמבר 2000 והובא למנוחת עולמים בבית־העלמין בסגולה.