נפתלי נולד ביום ה’ בסיוון תרע”ה, 18 במאי 1915 בלודמיר ווהלין, במזרח פולין, למנחם בביודה ולרבקה לבית הללר. אביו, מנהל חשבונות במקצועו, היה ציוני פעיל, יו”ר הסתדרות המזרחי, גזבר קרן היסוד ויו”ר המשרד הארץ־ישראלי לעליה, מייסד בית־הספר העממי “תרבות” ובית־הספר החקלאי העברי היחיד בפולין.

לנפתלי היו שני אחים, משה ויעקב. הבית היה מסורתי ולאומי. הוא למד בבית־הספר “תרבות” ואחר־כך בגימנסיה העברית בעיר קובל. בצעירותו הצטרף לבית”ר. לאחר כיבוש מזרח פולין על־ידי הצבא האדום, במלחמת העולם, הוא “גנב” את הגבול לליטא, הגיע לווילנה והתגורר שם עם מנחם בגין וד”ר שייב (אלדד). מדי שבוע נחקר על־ידי ה־נ.ק.ו.ד.; מאחר שהיה בידו סרטיפיקט לארץ־ישראל כסטודנט בטכניון בחיפה, קיבל היתר יציאה. הוא נשא את לאה צוקרקנדל ברש ושניהם יצאו ארצה דרך מוסקבה, קייב, אודסה, בירות, והגיעו לחיפה ביום 7 בינואר 1941. הוריו כבר היו אז בארץ. מיד החל הזוג בלימודי המשפטים.

עם הגיעו, הצטרף נפתלי ללח”י ועסק בעיקר בפיתוח קשרים בינלאומיים באמצעות מפלגות בצרפת ובבלגיה. בשנת 1944, כתוצאה מהלשנה של קצין משטרה יהודי, הוא נאסר וישב כשנתיים ביפו, בעכו ובלטרון, שם המשיך בלימודיו ואף הורשה להיבחן במחנה, וכך קיבל רישיון עורך דין בשנת 1945. משהשתחרר, חזר לעבודתו במחתרת. בשלהי 1947, כאשר נוסד העיתון הגלוי של לח”י “מברק”, היה נפתלי מנהלו האדמיניסטרטיבי.

נפתלי התברך בפעילות ציבורית וממלכתית ענפה, שהיריעה תקצר מלפרטה. להלן עיקרי תפקידיו: מראשי מחלקת העבודה בהתאחדות בעלי התעשיה; נציג ישראל בוועדות ארגון העבודה הבינלאומי בג’נבה; חבר הוועדה לניסוח חוקי העבודה של המדינה; מרצה בקורסים של משרד החוץ לצירים ונספחים בשגרירויות ישראל בעולם; ראש משלחת ישראל לוועידות הארגון הבינלאומי לתעופה אזרחית. ראש משלחות במו”מ על זכויות הטייס וקווי התעופה הבינלאומיים. ראש מינהל התעופה האזרחית. מ”מ יו”ר מועצת המנהלים של רשות שדות התעופה. שגריר ישראל בסיירה־לאונה; סגן ראש עיריית רמת־גן בשלוש קדנציות ויקיר רמת־גן; מרצה־אורח באניברסיטת בר־אילן; מחבר מחקרים משפטיים מדיניים. חבר דירקטוריון חברת החשמל ויו”ר כמה מוועדותיה; חבר דירקטוריון רשות שדות התעופה. ובפוליטיקה: חבר מועצת לאחדות העבודה, חבר מרכז מפלגת העבודה (מחנה הניצים) ופעיל בתנועת נאמני ארץ ישראל השלמה ובתנועת “התחיה”.

לזוג בן־יהודה שתי בנות ונכדים.