רפאל נולד בי”ח באלול תרפ”ט, 23 בספטמבר 1948 בתל־אביב. הוריו, הרב זכריה וצפורה (שרעבי) עלו מתימן בשנת תרפ”ה ונישאו בארץ. רפאל היה הבכור מבין 11 אחיו. שניים מהם נפטרו בילדותם.

המשפחה התגוררה בדרום תל אביב, להורים הייתה חנות מכולת. האב, מראשי התאחדות התימנים, היה חבר בוועד הפועל של ההסתדרות, הצטרף ל”הפועל המזרחי”, עבד ברבנות, שימש כרב המושבים והמושבות וכאחראי על השוחטים והמיקוואות. חיבר ספרי קודש בנושאי דינים והלכות.

רפאל למד בבית הספר העממי “לבנים מזרחי” ובחדר של הרב יעקב צעירי, בשכונת התקוה. הוא היה נער צמא דעת וחריף מוח ועסק רבות בלימודי קודש וחול. כבר בנערותו גילה אהבה רבה למולדת. הוא המשיך את לימודיו בישיבת “הישוב החדש”. כעבור שנה הצטרף לתנועת “הנוער העובד”, אִתם יצא להכשרה מגוייסת, שהתאמנה בקיבוץ רביבים בנגב. כעבור כארבעה חודשים חזר לתל אביב, הצטרף לתנועת בית”ר ומשם התגייס ללח”י, ללא ידיעת הוריו.

בלח”י השתתף במשימות ובמבצעים שונים, ביניהם הפעולה בברקליס בנק ברחוב אלנבי, ועוד. בהפצה והדבקת כרוזים נעזר באחיו הצעיר, אליעזר, שהתגייס אף הוא ללח”י וכינויו היה שמשון. בתקופת שירותו בלח”י, התגורר רפאל בצריפין, על גג בית, שם שיכפלו כרוזים והתאמנו בנשק. בחצר הבית היה “סליק” בו הוסתר נשק. כשהגיעו חיילים בריטים לערוך חיפוש פתע בביתו, חמק בהחליקו על צינור מים מגג הבנין.

רפאל עבד בעבודות מזדמנות לפרנסת המשפחה. רוב זמנו הקדיש ללח”י. הוא התגייס עם לוחמי לח”י לצה”ל ביום 29 במאי 1948, שירת בפלוגה א’, בגדוד הפשיטה 89, בחטיבה 8 הפלוגה, רובה ככולה הייתה מאויישת באנשי לח”י, בפיקודו של יעקב גרנק (דב) “הבלונדיני”.

על־פי עדות חבריו, הצטיין רפאל בקרבות לכיבוש לוד ורמלה, ב”מיבצע דני” ו”מוות לפולשים” בכָרָתִיה שבדרום. בקרב לכיבוש בית ג’וברין, נשאר לבדו בעמדת המקלע והמשיך להמטיר אש על משורייני האויב, עד שפגע בו פגז אויב וריסק את שתי רגליו. האויב הלך וקרב, התחמושת אזלה, ובלית ברירה נאלץ הכוח לסגת. רפאל מת מפצעיו בכ”ד בתשרי תש”ט, 27 באוקטובר 1948 נטמן בבית העלמין הצבאי בכפר ורבורג.